UIN Walisongo menerapkan wajib kepesertaan Jaminan Kesehatan Nasional bagi seluruh mahasiswa. Itu tercantum dalam pengumuman Nomor: B-4285/Un.10.0/B1/KU.00.1/12/2017 yang berisi tindak lanjut Keputusan Rektor UIN Walisongo Semarang Nomor 389 Tahun 2017 tanggal 4 Oktober 2017 tentang Kepesertaan Jaminan JKN.
Saat Dewan Eksekutif Mahasiswa Universitas (Dema-U) melakukan survei, 62% mahasiswa menolak wajib JKN.
